第二个是现代化学中的“原子论”。原子论思想在古希腊自然哲学的源头中就已经产生。它的早期代表人物是留基伯和德谟克利特。主要观点是，世界是由原子组成的，原子是一种最小的、不可再分的物质微粒，自身没有空隙，仅有大小、形态、秩序和位置上的不同。它具有无限多的数量，虚空是原子活动的“容器”或空间，同样也是实在的。这一思想经法国哲学家伽桑狄的“恢复”，到近代科学家道尔顿（J.Dalton）那里，就发展成为现代意义上的原子论。在许多人眼里，似乎道尔顿的原子论思想发生了根本性的变革。然而，撇开一些细节，情况并非如此。虽然道尔顿将原子论引入化学，并借助于称量技术有效地获得了物质按重量有比例地合成的信息，但所秉持的仍然是西方人所笃信的观点，即物质是由不可分的和点状结构模型组成的。并且，在道尔顿的原子论中，原子仍然被设想为一些不可见的微小的物体，即对原子的“判定”仍然滞留在思辨的水平之上。因而，他的理论虽然能够充分利用原有的文化资源而被人们易于理解和接受，但当他的理论和模型与化学实践结合起来的时候，却面临着不可调和的内在矛盾。例如，一些化合物的构成元素并不是按照固定的比例组合在一起的。这种情形正如巴里·巴恩斯所分析的，道尔顿的原子论不过是一种策略，凭借这个策略便可以将类似的文化模式中的有用要素（如物质粒子的属性）重新组织成解释令人费解事件（化学反应）的东西。“把反应描述为（亦即以隐喻的方式重新描述为）原子事件的积累，就是以化学家们从文化上讲已经具备的探讨方式来描述它们。”[38]一言以蔽之，道尔顿的原子论与古代的原子论并不是两个不相容的范式，而只是欧洲科学文明板块内部同一范式的不同描述或不同“隐喻”，它们是“制度化”了的文化框架内的产物。