基层的管理缺乏必要的财政支持，必然产生农民负担问题。特别是近些年来，农村经济发展和农民收入增长缓慢。1997年后，农民收入增幅连续4年下滑，2000年增长幅度降至3%左右，而农民购买力占全国的比重由80年代中期的53%以上下滑到38%。[3]“三农问题”突出，农村义务教育发展遇到了前有未有的困难和挑战。新的形势下，“以乡为主”的义务教育管理体制亟须调整。
2001年6月，国务院专门召开基础教育工作会议。《国务院关于基础教育改革与发展的决定》明确了21世纪义务教育发展的目标，认为“农村义务教育持续健康发展是治本之策”，规定了农村义务教育“在国务院领导下，由地方政府负责、分级管理，以县为主的体制”。建立“以县为主”的义务教育管理体制，是在认真研究、总结我国义务教育发展实践，深入分析农村经济和社会发展形势的基础上，针对我国义务教育中存在的困难和问题而做出的重大决策。以此为标志，“以县为主”的义务教育行政管理体制改革进入一个新的发展阶段。